Untuk meningkatkan efisiensi, efektifitas, transparansi dan akuntabilitas penyelenggaraan pemerintahan dan pelayanan kepada masyarakat, diperlukan Standar Operasional Prosedur untuk pelaksanaan kegiatan dan program. Hal ini berdasarkan Peraturan Pemerintah Nomor 60 Tahun 2008 tentang Sistem Pengendalian Intern Pemerintah dan Peraturan Menteri Pendayagunaan Aparatur Negara Nomor Per/21/M.PAN/11/2008 tentang Pedoman Penyusunan Standar Operasional Prosedur (SOP) Administrasi Pemerintahan.

Tindak lanjut Peraturan tersebut Pemerintah Kabupaten Kulon Progo menerbitkan Peraturan Bupati Nomor 16 Tahun 2010 tentang Penyelenggaraan Sistem Pengendalian Intern Pemerintah di Lingkungan Pemerintah Kabupaten Kulon Progo, Peraturan Bupati Nomor 45 Tahun 2011 tentang Pedoman Penyusunan SOP Penyelenggaraan Pemerintahan di Lingkungan Pemerintah Daerah dan Peraturan Bupati Nomor 44 Tahun 2011 tentang Petunjuk Pelaksanaan SPIP di Lingkungan Pemerintah Daerah.

Selanjutnya berdasarkan pasal 4 ayat (1) Peraturan Bupati Nomor 16 Tahun 2010 tentang Penyelenggaraan Sistem Pengendalian Intern Pemerintah di Lingkungan Pemerintah Daerah, Kepala SKPD bertanggungjawab atas efektifitas penyelenggaraan SPIP di Lingkungan SKPD masing-masing, sehingga pembuatan SOP menjadi hal yang wajib bagi setiap SKPD tidak terkecuali Dinas Koperasi dan UMKM kabupaten Kulon Progo.

Melalui Surat Keputusan Kepala Dinas Nomor 518/31/SOP/XII/2011 tentang Standar Operasional Prosedur (SOP) pada Dinas Koperasi dan UMKM Kabupaten Kulon Progo, telah ada 15 SOP Pelaksanaan Kegiatan yaitu SOP Pengelolaan Surat Masuk, Pengelolaan Surat Keluar, Kenaikan Pangkat Regular, Kenaikan Pangkat Pilihan, Pemberian Cuti Tahunan, Cuti Alasan Penting, SOP Penyusunan laporan Akuntabilitas Kinerja Instansi Pemerintah (LAKIP), SOP Penyusunan Rencana Kerja SKPD, SOP Penyusunan Rencana Kerja dan Anggaran, SOP Sosialisasi HAKI bagi UMKM, Revitalisasi Pendataan Koperasi , Pelayanan Perijinan Akta Pendirian Koperasi, Fasilitasi Pemberdayaan Koperasi dan UKM, Peningkatan Jaringan Kerjasama Antar Lembaga, Pendidikan dan Pelatihan Kewirausahaan, Penilaian Kesehatan KSP/USP Koperasi, Fasilitasi Permodalan.
Ke depan peningkatan secara kualitas dan kuantitas pelaksanaan SOP akan ditingkatkan sehingga efisiensi, efektifitas, transparansi dan akuntabilitas penyelenggaraan pemerintahan dan pelayanan kepada masyarakat akan tercapai. Secara kuantitas akan di buat SOP untuk beberapa kegiatan yang belum ada SOP dan secara kualitas akan dilaksanakan monitoring dan evaluasi pelaksanaan SOP oleh tim SPIP SKPD sehingga akan tercipta optimalisasi pelaksanaan SOP.